Aquest municipi pren el nom dels dos agrupaments de població que en formen part: Pedret, a llevant, és un lloc de poblament dispers i Marzà, a un kilòmetre de distància, és un nucli de poblament agrupat i la capital administrativa. Es va segregar de Vilanova de la Muga l’any 1933, al qual havia pertangut des de l’any 1846.
Té una superfície de 8,15 km² i s’estén pel sector septentrional de la plana de l’Alt Empordà, en la conca de la Muga. És totalment pla, només amb alguns afloraments rocosos que formen ondulació o minúsculs tossals. Al nord-est del poble de Marzà aflora un mantell basàltic.
El tren de Barcelona a França travessa el sector occidental d’aquest terme, passant a pocs metres de Marzà, on no hi ha, però, baixador ni cap servei ferroviari. Aquest poble es comunica per un camí veïnal amb l’estació més pròxima, que és la de Vilajuïga. Una carretera local asfaltada porta de Pedret a Pau (3 km) i a la carretera de Roses a Vilajuïga. Camins veïnals menen a Vilanova de Muga i a Castelló d’Empúries.
El territori de Petreto és esmentat l’any 953 com un dels límits orientals de l’estany de Castelló, en un precepte del rei Lluís d’Ultramar que confirma els drets de pesca que el monestir de Sant Pere de Rodes hi tenia, així com la propietat de les illes, Volvagro, Foniliaria i Sararto, la localització de les quals és difícil de precisar avui dia.
El poble de Pedret té un nucli principal format per l’església, amb l’antiga rectoria avui deshabitada, el cementiri i tres masies a les proximitats, a la dreta de la riera de Pedret. Aquests habitatges són construccions més aviat modestes dels segles XVII al XIX.
El poble de Marzà és emplaçat en un pujol de 22 m d’altitud. És l’únic nucli de població agrupada i, de fet, el cap del municipi, on hi ha la Casa de la Vila i hi havia hagut les escoles abans que fossin tancades. Les cases amb moltes reformes modernes, formen carrerons curts i una plaça, entre alguns vestigis del castell medieval.